Американские исследователи: всего 6 уникальных генотипов вируса АЧС

Исследовательская группа, состоящая из сотрудников Службы сельскохозяйственных исследований (ARS) Минсельхоза США, Канадского агентства по контролю продуктов питания и Университета Макарере в Уганде, в публикации в рецензируемом журнале Viruses поделилась предложением иначе классифицировать генотипы вируса АЧС. Это может облегчить ученым разработку вакцин, соответствующих различным штаммам, циркулирующим в эндемичных по АЧС районах по всему миру.

В настоящее время шире всего известны генотипы I и II (в «старой» классификации), оба они «пришли» с африканского континента. Генотип I появился в Европе и Латинской Америке в 1960-1970-х гг., но в настоящее время он известен только по эндемической ситуации на итальянском острове Сардиния и недавним вспышкам в Китае. Генотип II же появился на Кавказе в 2007 г. и распространился на Европу, Азию и Карибский бассейн, создав серьезные проблемы со здоровьем свиней во многих странах.

Старший научный сотрудник доктор Дуглас Гладью из ARS отмечает: «Ранее во всем мире было идентифицировано 25 различных генотипов вируса. Наша исследовательская группа недавно провела переоценку всех общедоступных последовательностей ДНК вируса и обнаружила, что многие генотипы, первоначально отмеченные как новые, не были правильно идентифицированы и не сравнивались с уже известными. Основываясь на этом анализе, мы пришли к выводу, что на самом деле существует гораздо меньше уникальных генотипов, чем полагало научное сообщество. Это означает, что разнообразие вируса АЧС меньше, чем считалось ранее. Эта информация важна, поскольку может помочь сократить число разрабатываемых вакцин, необходимых для защиты от всех генотипов».

Точная классификация вирусов имеет первостепенное значение для эпидемиологических исследований и разработки экономически эффективных контрмер, включая создание вакцин против уникальных штаммов АЧС.

В рамках масштабного проекта исследователи ARS повторно проанализировали более 12 000 исторических и текущих изолятов вируса, полученных в лабораториях по всему миру. Эта работа стала возможна благодаря использованию вычислительных мощностей SciNet, суперкомпьютерного кластера ARS для решения задач с большими данными в сельском хозяйстве.

В статье в журнале Viruses авторы объясняют: «Преобладающий метод генотипирования вируса АЧС основан на секвенировании фрагмента гена, кодирующего структурный белок p72. […] Чтобы оценить пригодность классификации генотипов по р72, мы повторно проанализировали все доступные геномные данные по вирусу АЧС».

Команда пришла к выводу: «Основываясь на нашем анализе последовательности p72, мы предлагаем сократить нынешние 25 генотипов, рассмотренных исключительно на основе p72, до 6. Чтобы помочь различать новую и старую системы классификации, предлагаем использовать арабские цифры (1, 2, 8, 9, 15 и 23) вместо ранее применяемых римских. Кроме того, мы обсуждаем целесообразность и полезность генотипирования изолятов вируса АЧС исключительно на основе последовательности p72».