Штамм – это культура микроорганизмов (вирусов, бактерий), отобранная из одного источника и сохранившая чистоту. Также под штаммом может пониматься изолированная культура клеток, отобранная в одно время и в одном месте. При этом штамм не причисляют к таксономическим категориям (самым низшим таксоном считается вид), его невозможно повторно выделить из того же источника, но в другой промежуток времени.

Чтобы причислить микроорганизм к определенному виду, необходимо наличие ряда признаков:

  • тип нуклеиновой кислоты;
  • строение внешней белковой оболочки (для вирусов);
  • возможность вырастить популяцию микроорганизмов на углеводородах определенного вида;
  • тип выделений, полученных в результате обменных процессов;
  • тип последовательностей генома у бактерий.

При этом внутри определенного вида также могут присутствовать некоторые различия. Например, размер и форма бляшек или колоний, уровень выделяемых ферментов, присутствие плазмид, вирулентность и т.д.

На данный момент не существует единого реестра названий выделенных штаммов, все наименования даются в произвольном порядке. В составе названия, в большинстве случаев, присутствуют буквенно-цифровые обозначения, следующие сразу за видовым названием. В качестве примера можно привести название популярного штамма кишечной палочки: E. coli K-12.